在26世紀晚期，地球正從數世紀前的災難性爆炸中恢復過來，這次爆炸消滅了大部分人口，並由於超自然的天氣條件，使得地球表面大部分地區無法居住。倖存的人類沿著四種根本不同的意識形態組織，被稱為道(Path)，他們認為最適合拿來重建世界: 和諧(Harmony)、支配(Dominance)、進步(Progress)和救贖(Salvation)。四道的追隨者處於脆弱的和平狀態，但幾乎完全孤立地相互存在。他們唯一的交匯點是地球上最後一個主要城市，現在被稱為首都。

通過啟動在災難之後出現的神秘時空裂縫，每條道都能夠回到其過去的特定時刻。這樣做可以大大加快他們的進展，但過度干預可能會危及時空連續性。但是進展比以往任何時候都更加重要：如果通過時空裂縫傳遞的神秘信息是可信的，那麼一場更可怕的災難即將來臨：一顆携帶神秘中子物質的小行星正朝著地球飛來。更奇怪的是，科學家們發現，這顆小行星的能量特徵與數世紀前的爆炸相匹配......

《時空亂序》(Anachrony)具有獨特的雙層工人放置系統。為了前往首都或冒險前往被摧毀的區域尋找資源，玩家不僅需要各種專業人員（工程師、科學家、管理員和天才），還需要外骨骼服來保護和增強他們 - 而這兩者都供應短缺。

遊戲會進行4-7回合，具體取決於迫在眉睫的災難所發生的時間 - 當然除非它被免除！已經渡過的回合會在一個動態的時間線上顯示。通過啟動時空裂縫，玩家可以回到早期回合為他們過去的"自己"提供資源。每條道都有一個大不相同的目標，當達成時會獲得大量分數。道的聚落將在衝擊中倖存下來，但首都將不會倖存。哪條道能夠收集最多點數，就成為新的首都所在地，也因此成為地球上最重要的勢力......