《沙丘：家族的秘密》採用了Portal公司屢獲殊榮的《偵探：現代犯罪桌上遊戲》中使用的合作遊戲系統，將一到四名玩家置身於艾瑞克斯（Arrakis）這個荒涼沙漠星球上發生的最高機密之中。

在這個以故事為驅動的冒險遊戲中，玩家扮演的是必須解決一系列具有挑戰性的任務的叛軍成員，但時間和資源是有限的。玩家需要共同決策如何推進故事，探索世界的不同地區，追蹤線索，利用盟友，並克服各種不同的阻礙。在遊戲過程中，玩家使用各種實體和數字遊戲組件 —— 一副包含重要線索和情節轉折的卡牌、十幾份實體資料和一個專用網站提供的額外資源 —— 來引導敘事，使遊戲體驗更加真實動人。

遊戲以一個介紹性的序幕開始，旨在讓玩家熟悉龐大的《沙丘》宇宙，然後再繼續進行三個大型冒險，每個冒險大約需要兩到三個小時才能完成。在每個劇集中，玩家可以通過完成任務來獲得經驗點，提升角色等級，並在未來的遊戲中解鎖新選項。每個冒險都可以作為獨立的劇集進行遊玩，但如果玩家完成了全部三個劇集，他們將解開一個主要的遊戲故事，其中包含一個壯麗的高潮和令人難忘的結局，對該三部曲的未來遊戲產生持續的影響。